Kini, Unika Atma Jaya telah memiliki delapan fakultas dengan dua puluh satu program studi untuk program sarjana (S1) dan Program Pasca Sarjana dengan tujuh program magister: Magister Manajemen (MM) dan Magister Linguistik Terapan Bahasa Inggris (LTBI) pada tahun 1992, Magister Profesi Psikologi pada 2005, Magister Bioteknologi pada 2011, Magister Sains Psikologi, Magister Ilmu Hukum pada 2012 dan Magister Teknik Mesin pada 2013 serta satu program doktor Linguistik Terapan Bahasa Inggris (LTBI) pada tahun 2002. Untuk program sarjana (S1): Fakultas Ekonomi (FE) dan Fakultas Ilmu Administrasi Bisnis dan Ilmu Komunikasi (FIABIKOM) berdiri pada tahun 1960, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) dan Fakultas Teknik (FT) tahun 1961, Fakultas Hukum (FH) tahun 1965, Fakultas Kedokteran (FK) tahun 1967, Fakultas Psikologi (FP) tahun 1992 dan Program Magister Profesi Psikologi tahun 2005, serta Fakultas Teknobiologi (FTb) tahun 2002.